担心自已人身权利的复仇者联盟内部，因为是否签协议起了争执，托尼虽因为研发奥创间接引发了索科维亚大战，产生愧疚。
但奥创军团的失败以及自已的机甲无人AI控制军团成功，还有过去在身上所发生的种种一切，让托尼意识到，他们不能接受签署协议。
于是托尼决定站在反对签署协议的一边，而随着时间问题，让托尼他与支持签协议的美国队长之间分歧越来越大，最终因为赫尔穆特·泽莫炸毁联合国会议室的问题，而引发了复仇者联盟的内战。
莱比锡机场大战之后，凭借着机甲无人AI控制军团，而胜利的托尼，虽得知冬日战士受到了诬陷，美国队长的目的应该是正确的，但不愿就此认输的托尼，在心底里过意不去。
托尼便来看望战斗失败，而被他关押的支持签署协议的英雄们，之后从猎鹰山姆处知晓了美国队长和冬日战士的位置，他匆忙拿上雷霆之剑，想赶到西伯利亚，和美国队长、冬日战士一起探寻九头蛇组织的旧基地，挫败赫尔穆特·泽莫的阴谋。
但是也正如此，托尼还是和美国队长、冬日战士中了泽莫的计策。
在对话中，托尼得知当年杀害他父母的人就是冬日战士的真相，因为仇恨而陷入了疯狂，独自一人和美国队长及冬日战士展开大战。
最后手持雷霆之剑的托尼，虽被美国队长盾牌打中了方舟反应炉而失败，但是美国队长的盾牌，冬日战士的金属手臂，以及冬日战士的性命，也被打入重伤，需要休眠疗养。
在这之后，美国队长、托尼两人彻底决裂。
虽然从西伯利亚回来之后，托尼收到了美国队长的道歉信和一部联系电话。
尽管托尼拒绝帮助国务卿罗斯将军，而阻止美国队长的越狱计划，但是他一直没有完全释怀美国队长为什么被改变。
闲下心的托尼，开始指导蜘蛛侠彼得·帕克一步步走向超级英雄的道路，并开始和波茨谈婚论嫁。
当灭霸的属下入侵纽约时，托尼正和奇异博士、王以及班纳博士共同对抗乌木喉和黑矮星的入侵。
在这期间托尼掏出美国队长留给他的联系电话，但一直犹豫不决。
因为没有带上雷霆之剑，致使奇异博士被乌木喉抓走，托尼和蜘蛛侠连忙进入太空营救。
后来托尼和蜘蛛侠、星爵、螳螂、星云和毁灭者德拉克斯共同在泰坦星对抗灭霸，但最终不敌落败。
眼看托尼即将被灭霸杀死之时，奇异博士交出了时间宝石。
灭霸的响指成功打响后，在泰坦星上只有托尼和星云幸存了下来，包括蜘蛛侠彼得等人在内的超级英雄全都消失了，托尼在为彼得的消失而感到愧疚万分的同时，沉寂许久的仇恨种子，再次控制住托尼。
......
第066章预告第一次无限战争后