虽然托尼保住了性命，但托尼在接下来的两年来，却彻底走上了疯狂之路，借助着神盾局的顾问这一身份，疯狂备军，即扩大机甲的数量和火力。
同时因为之前帮忙的朋友突然背叛，托尼一度失败，但还是凭借着厚实的底牌，反败为胜，而在这之后，机甲无人AI控制军团，被托尼提早掌控。
半个月后，托尼接到神盾局特工菲尔·科尔森的邀请，帮助神盾局对抗洛基，并和布鲁斯·班纳因为科学家这一个身份，成为了学识上的好朋友。
在神盾局的天空母舰涡轮受到损坏时，托尼虽联合美国队长修复了制动系统，却导致科尔森特工被洛基杀害。
感到自责的托尼，立即猜出了洛基的下一步行动，就是在纽约公然地打开星门，侵略地球。
托尼立刻回到大厦，与洛基战成一团的同时，唤醒他布置在世界各处的机甲无人AI控制军团，抵挡齐塔瑞人的进攻。
就在托尼以为进攻成功挡住时，托尼却接到尼克·弗瑞的紧急通知，美国政府勒令神盾局向纽约发射核弹后。
他一边咒骂着美国政府和神盾局，一边迅速追上了核弹，用尽全力将其送到了时空传送门后的齐塔瑞巨舰，游所有的齐塔瑞入侵者全部被消灭。
而自己则在星门关闭前掉入地球，被浩克救了下来幸存。
纽约大战后，托尼被双层焦虑症所困扰，疯狂投入钢铁侠战衣升级版的研发以及机甲无人AI控制军团，为此废寝忘食，甚至忽略了女友佩珀·波茨的感受。
在连续三次恐怖袭击的意外事件之后，批尼与和他有类似经历的小男孩哈利·基纳相遇，托尼成功复仇恐怖份子后，哈利帮助他走出了焦虑症的阴影。
后来，托尼和哈利一道探寻曼达林事件背后的真相并与自己的朋友及爱人并肩战胜了恐怖份子后面幕后黑手，又通过手术取出了体内残留的弹片和反应炉，将其丢向海中，决心不再为钢铁侠战衣所困。
后来托尼送给哈利一套完整的人工智能装备，并把事情经过告诉了班纳。
正当托尼以为这一切就此结束时华盛顿攻击事件的爆发，让托尼再次穿上了战衣，和其他复仇者继续行动。
在九头蛇兵团总指挥斯特克尔的基地里，托尼被绯红女巫的能力影响，看到了复仇者联盟全灭的景象，于是心里产生了制造拥有更强防卫力量的机械，保护地球的想法。
托尼把自己的想法告诉并说服了班纳，两人便利用洛基权杖，一起造出一个人工智能机器“奥创”。
谁知奥创认为想要和平，就必须消灭人类和复仇者联盟，奥创纪元危机爆发。
托尼和复仇者们再次集结，对抗奥创，在战斗中，托尼还分神，控制自己的机甲无人AI控制军团对抗奥创军团，并最终取得了胜利，阻止住了奥创毁灭地球人类的阴谋。
但是，由于复仇者联盟的几次行动给各个国家带来巨大的损失，受迫于各国压力的联合国，出台了索科维亚协议。
在索科维亚协议中，规定了复仇者联盟必须接受联合国的管理和监控。