仗打到这个份上，日本人的选择已经不多了，哪怕是对皇国的前景无比看好，认为所谓皇军决不可战胜的死硬军国主义份子也不得不承认，仅靠山口多闻的飞龙号和近藤信竹的瑞风号根本不是美畜两艘大型航母的对手。
在这里必须多说一句，日本人的情报工作真心是相当的混乱，近藤信竹始终没有意识到他攻击的目标和南云忠一攻击的目标是完全不同的两个目标。近藤信竹以为自己正在和南云忠一一起夹击敌人，所以他认为自己攻击的那两艘航空母舰是美国的大黄蜂号和企业号。
另一边，南云忠一因为赤城号被摧毁时弃船脱离了指挥，也没有意识到近藤信竹的错误。至于山口多闻，这位老哥的就是复仇，就是决心反击，根本没工夫关注其他的事情，自然也没有管近藤信竹的破事。
所以当乱七八糟的情报反馈到大和号上时，山本五十六极其参谋对战场上的情况发生了误判，以为战场上只存在三艘美国航母，而且其中一艘已经被重创，并没有意识到盟军实际中还拥有四艘尚能一战的大型航母。
当然，前面也说了，山本五十六虽然不愿意承认，但也必须接受这样的现实――在中途岛周边，皇军的兵力太单薄，不是美畜的对手。如果想要翻盘就必须加大投入。
怎么加大投入呢？山本五十六的参谋黑岛龟人就立刻建议，将北上阿留申群岛的佯攻部队调往中途岛，而且将原本抵近在珍珠港一线的潜艇也派往中途岛一线。反正现在美国舰队已经离开了珍珠港。让潜艇继续留在珍珠港附近也没有意义了。按照黑岛龟人的设想。南云的机动部队将和细萱戊子郎的第五舰队汇合，集中四艘航空母舰再同美军舰队决一死战！
应该说这个设想还是合理的，如果细萱戊子郎的舰队能够快速南下，如果南云忠一能和近藤信竹汇合，似乎日本人还有翻盘的可能性。甚至乐观的黑岛龟人还描绘出了如下的场景：歼灭美畜舰队之后，由战列舰将遭受重创大破的苍龙号、加贺号和赤城号以及美畜的约克城号拖回本土修理，这样一来，损失几乎没有了。还白赚一艘航母，断然是一场“轰动”的大胜。
鬼子还真能想美事，但是不管是黑岛龟人还是同意了这个建议的山本五六十其实都没有意识到一点――今天的战斗还没结束呢！不管是飞龙号也好还是瑞凤号也罢，并没有脱离危险，它们依然在盟军舰载机的打击范围之内，一旦这两艘航母再完蛋了，哪怕是只损失一艘，黑岛的那个翻盘计划就要破产。
为什么这么说呢？原因很简单，细萱戊子郎的第五舰队的龙骧号、隼鹰号航母跟真正的舰队航空母舰相比还是有较大差距的。龙骧号还好点，至少还是正儿八经的航空母舰。而隼鹰号可是用快速邮船改造出来的半路出家航母，作战效能是要打折扣的。比如说隼鹰号的最大航速就只有25节左右。跟真正的舰队航母还是差了不少的，如果要一起编队行动，就得迁就它。
而且龙骧号、隼鹰号航母的舰载机数量偏少，比如说龙骧号载机在三十架左右，隼鹰号也只有五十架的水平，这两艘航母加一块也就只有八十架舰载机，而加贺号和赤城号都是拥有90架舰载机的大型航母，一艘就顶得上他们俩了。
这么算吧，此时还能作战的飞龙号以及近藤信竹的瑞凤号舰载机数量是少得可怜，随着赤城号和加贺号的损失，绝大部分战机都随舰一起被摧毁，只有少数飞到了飞龙号上。而且随着山口多闻下令两次出击，这些仅存的舰载机也在攻击波中消耗得七七八八了。至于近藤信竹的瑞凤号则更惨，一波流出去袭击红海军结果完全是肉包子打狗，几乎是一架飞机都没有逃回来。
这么说吧，此时飞龙号和瑞凤号其实就是个空壳子，光有航母没有飞机。可能有同志要问了，既然只有航母没有飞机，这还打个毛线，鬼子还是乘早洗洗睡吧，赶紧撤退说不定还能保住两艘航母。留下来继续战斗恐怕是肉包子打狗啊！
不过黑岛龟人不是这么想的，他认为完全可以一战。他的设想是，角田觉治的第二机动部队赶紧南下，而南云忠一的第一机动部队和近藤信竹的航母则暂时北上，当双方的距离缩短到舰载机的航程范围之内时，隼鹰号和龙骧号起飞全部舰载机向南飞行，这正好就可以降落在飞龙号和瑞风号的甲板上。而飞龙号和瑞风号的任务就是给这批飞机加油挂弹，然后对美军进行“意想不到”的打击。
这么说吧，黑岛龟人的战术很像后来马里亚纳猎火鸡中鬼子使用的穿越轰炸战术。此时使用这种战术可以缩短第二机动部队南下的时间，可以让第一机动部队尽快恢复战斗力。以隼鹰号和龙骧号上的八十多架舰载机，再加上飞龙号上的“存货”，大概能凑个一百架，既然前头山口多闻用拼凑出的十几架飞机就能重创约克城，这回一百架飞机凭什么搞不定敌人剩下的两艘航母呢？
对于黑岛龟人的建议，山本五十六予以了部分采纳，下午三点，大和号向各司令长官以及各站队司令部下达了第一五五号作战命令，其中山本首先向他们通报了主力舰队的位置，然后说：“第二，中途岛攻略部队派部分舰只为运输舰护航，同时暂向西北撤退。第三，第二机动部队尽快与第一机动部队汇合，并完成攻击……，第四，潜艇阵位进行变动……”
就在山口多闻放飞第二波攻击机群之后，南云忠一按照山本五十六的命令。要求其立刻向北全速撤退。要求其尽早脱离美国飞机的打击范围。
对山口多闻来说。执行这道命令多少有点不情不愿，为什么呢？因为在他看来航母怎么也跑不过飞机，就算飞龙号全速前进，一个小时也就是跑60公里的水平，而最慢的美国鱼雷机一小时也能跑两百公里，指望此时利用高速逃出敌人的打击范围是在是天真的想法。
更何况山口多闻一点都不想撤退，哪怕是暂时撤退他也不情愿，在他看来敌人远远没有想象中那么强大。诚然敌人摧毁了赤城号、加贺号和苍龙号。但是敌人舰载机的损失也是惊人，根据飞行员和炮手的报告，累计已经击落超过三百架敌机（水分多多），而敌人的三艘航母拢共只有多少舰载机？
山口多闻认为美国人也没有多少舰载机了，除去相当数量的战斗机和中途岛的轰炸机，能用来攻击飞龙号的能有多少？也就是说，在他看来双方的实力其实是半斤八两，如果搏一把的话，飞龙号未尝没有单骑救主的可能。
所以，当时山口多闻是命令尽可能的搜集攻击机。努力地拼凑力量，是准备用第三波进攻决一胜负。自然的。此时南云忠一命令他撤退，肯定不太高兴。
不过这道命令是山本五十六下的，哪怕是山口多闻一肚子都是意见也不得不执行（他和山本私交相当的好）。当然我们知道山口多闻的估算是有错误的，他少算了红海军特混舰队的那两艘航母，除去击落三百架敌机中的水分以及红海军的Ro-2和中途岛的TBD和SBD，实际上美国航母上损失比较大的是鱼雷机，而俯冲轰炸机完全可以一战。
也就是说，山口多闻留在原地根本就是死路一条，这一次山本五十六和南云忠一是对的，他有些想当然了。实际上更想当然还在后面，当飞龙号高速向北撤退的时候，桥本完成对约克城的第二次打击之后向他报告：“摧毁敌航母一艘！”
不管是已经撞向了约克城的友永还是活着的桥本都搞错了一件事，那就是错误的将约克城号当成了其姊妹舰，以为攻击的是一艘全新的美国航母。当然，这也主要归功于约克城号官兵优异的抢修能力，谁能想到这是一艘几个小时前刚刚遭受重创的航母呢？
当这个消息传到山口多闻耳朵里时，这位性急的海军少将是懊悔不已，他认为自己错过了一次翻盘的绝佳机会，按照他的算法，此时在中途岛敌我实力对比是一比一了，飞龙号完全可以创造奇迹嘛！
山口多闻急不可耐地就将这个好消息传给了南云忠一，再一次请求转舵，回去同美国人决一死战。那南云忠一是什么反应呢？对于能摧毁第二艘美国航母，南云自然感到高兴，这多少也挽回了他的面子。但是对于转舵回去继续作战，他心存顾虑：