随着碇源堂身死人不见NERV也彻底易主，如今在NERV总部的岛国防卫军人员比起NERV的人多出了几倍。
整个NERV的人也全都被监管起来各个重要的部门不是被萧云的人守着就是被岛国防卫军的人给封锁。
不过随着赤木律子，加持良治以及葛城美里的介入情况也逐渐开始有所变化，一个个审核完成的原NERV成员回到了自己的工作岗位。
现在的情况是萧云虽然拥有了NERV总基地的所有权但兵不知将，将不知兵，直接指挥肯定是不可能的。
萧云对NERV也缺乏了解所以最好的方法还是让赤木律子，加持良治和葛城美里三人来帮他先稳住现在的局面。
包括对人员的审核，物资设备等等各方面都需要熟悉情况的人来处理，可这审核还没进行一半NERV的警报就响了起来，一下就让NERV直接进入了战斗状态。
“警报蓝色，使徒来袭，各成员进入岗位。”
萧云在警报响起的时候就有注意到，第一时间也赶来了作战指挥部。
“什么情况，不用做出击准备？”
已经换了一身制服的葛城美里表情沉重的转头看向萧云：“这次的使徒是无法用EVA能够对付的敌人。”
萧云挑挑眉毛看向屏幕：“哇哦，病毒型使徒。”
“现在很麻烦，我们只能延缓这些病毒的入侵，照这样的速度下去迟早会被侵入中央教条。”
“别怕。”萧云大气的挥了挥手。
“你有办法解决？”
“虽然觉得有点可惜。”萧云轻轻叹了口气，道：“我已经让人在基地下方布置了空间武器维度吞噬者，随时能够把莉莉丝给彻底毁灭掉，我惟一不太清楚的一点是莉莉丝和人类之间的联系到底有多紧密。”
加持良治道：“没有关系，只要没有开始契约莉莉丝就不可能对人类造成任何影响。”
“那就没事了。”萧云点头道：“我随时可以启动空间武器，没有后顾之忧你们也可以想想可以用什么样的办法来对付这种敌人。”
萧云是真的不慌，他记忆里有关于这个使徒的剧情，知道最后是有惊无险的解决掉了，而且可以说是最容易解决的一个。
不用EVA不用AT力场唯一一个用人类的智慧就能解决的敌人。
当然最关键的是那颗足以让莉莉丝彻底消失的维度吞噬者。
萧云很轻松的坐在了原本应该属于碇源堂的位置上，就这么轻松的看着葛城美里等人的表演。
有了萧云的话作战指挥部的气氛也显得松弛了很多，但是遇见这种情况葛城美里他们还是难以找出合适的方法。
“使徒又经侵入MAGI！它好像在进化！”
忽然间有人着急的喊了出来：“自爆程序自主启动，我们还有十分钟时间！”
萧云的表情顿时变得古怪起来，赤木律子额头上冒出来了些汗水，一直注意着使徒的情况：“它在进化，等等……这是……它的行为逻辑正在改变！我想到办法了！”
“等等。”萧云的表情忽然变得古怪起来，看向身边的御剑冥夜：“关闭自爆程序。”
御剑冥夜点点头使得整个作战指挥部那尖锐的警报声忽然安静了下来。
作战指挥部内，嘈杂的声音忽然也全部消失，所有人都愕然的看向了萧云的方向。
“情况怎么样。”
赤木律子满脸愕然：“侵袭还在继续，但是为什么？”
萧云道：“你刚才说它的逻辑在发生变化，生命形式呢？”
赤木律子连忙道：“它已经具备了电子病毒的特征。”
萧云眉头微皱，他在考虑一个很有意思的事情。
那就是把这个使徒纳为己用。
使徒侵入了NERV的主电脑MAGI，但现在的问题是这台电脑正处于萧云的控制，而且是一种这个世界根本不存在的量子病毒。
使徒侵袭MAGI转变成了一种病毒，但也是基于MAGI这个电脑进化而成的病毒，量子病毒是否能和使徒对抗，使徒又是否能够因为接触量子病毒而获得量子病毒的特性。
不过唯一可以确定的是量子病毒不会成为任何东西的载体，而量子病毒依然能够控制已经被使徒侵袭的MAGI。
使徒病毒对上量子病毒……
“能把使徒彻底限制在MAGI中吗？”
萧云看向赤木律子，后者思索着点头道：“我可以试试。”
赤木律子很快开始给使徒设下陷阱将其困在了MAGI中，在敲下陷阱牢笼关闭的一刹那便立刻转头看向了萧云。
“三十秒，最多只有三十秒的时间！”
萧云也不耽误直接把头盔盖在了头上。
“VT！”
“正在尝试封锁……封锁已完成，封锁时间延长到三分钟，开启第二规程，加速使徒进化，预计时间十秒……萧云，设想出错……”
“为什么？”
VT：“使徒具备生命特质已经现实病毒躯体并在快速进化，无法做到完全数据化，持续加速进化最终只有一个结果，崩溃。”
萧云有些可惜的叹了口气：“解决它，可惜了真正的数据生命就在我眼前被错过了。”
“萧云，我们可以将信息以量子态方式输入使徒病毒的数据之中，病毒无法接受GEASS但是使徒可以。”
萧云忽然就明白了VT的意思，顿时开启了GE ASS：“沉默！”
忽然间正在突破的使徒猛的沉静下来，一层层作为封闭的防火墙也稳定下来。
萧云眼睛顿时亮了起来，GEASS真的有用！
不过这种情况也是因为这次入侵使徒的特殊性导致的，同时处于电子病毒和生物病毒的双形态下让VT找到了关键的弱点。
原剧情中NERV就是因为使徒的这个特性加速它的进化而被毁灭。