不管胜保怎么暴跳如雷、怒不可遏地表示不愿离安徽前往陕西，慈禧丝毫不为所动。
同治元年七月，胜保只得遵旨赴陕督办军务，镇压回民起义。但八月华阴一战，军火车辆尽失，以后多次失利；加之胜保中途，又擅自调苗沛霖部赴陕。
经两宫太后和军机处急令，僧格林沁以武力制止才作罢，苗沛霖见无法取信于朝廷，重新造反。而此时胜保所带宋景诗部又在往陕西途中哗变。
同治元年十二月初四日，慈禧密诏多隆阿率部前往陕西，将胜保拿问。这时，恭亲王也无法再袒护胜保了。胜保被押解回京入狱。
潘祖荫、卞宝第、丁绍周、严树森等言官，参劾他的折子中所罗列的罪状：“荒淫贪纵”，“任性骄纵，滥耗军饷”，“随带营妓”，“设局抽厘，便于肥己”，“讳败为胜，捏报大捷”。
“收纳逆首陈玉成妻为妾”，“优伶冒充亲军，按月提银三千两，以致各营兵勇”等。
一年多的工夫，慈禧对御史科道已经很了解，谁是耿直敢言的；谁是喜欢闻风言事的；谁的脾气暴躁，谁的党羽最多？从他们的奏折里，便可以猜出他们的本意。
慈禧正想着怎么给恭亲王一些训斥，看了奏折后，只在心里说了一句话：要怪，只能怪你自己与“他”走的太近了！
这一关，关了好几天也没有人来问，在无数被参劾的罪名中，他只承认了一条：随带营妓。
而军机处已根据刑部的奏报拟旨：派议政王、军机大臣、大学士会同刑部审讯，按律定拟具奏。但恭亲王迟迟未有行动，因为投鼠忌器，顾虑甚多。
恭亲王看过后心里想着，其实这些罪行，好些战区官员也同样或多或少地犯有，并不足以要立即拿问。
在胜保未到京以前，他们预定的营救计划，即已发动。
掌权一年多以来，恭亲王的宗旨依然是稳定局势为第一，对于苗沛霖尚且可以委屈求全，只要他能受约束，那怕就在寿州一带做“土皇帝”，也可以容忍，然则因为胜保而激起意外的变故，自然是他所引以为切戒的。
对胜保的感情，恭亲王也毕竟与他人不同。前年政变，遥控行在，胜保那一支急召来的军队，到底能给予肃顺多少威胁，他心里也没底。
但是，恭亲王却确确实实因为胜保的态度，增加了信心，同时也因为有胜保的人马可以运用，使得那些原来徘徊在肃顺与他之间的人，倒向自己这一面。
得失成败，寸心自知，恭亲王觉得是欠着胜保的大情啊。
有了这一层公与私的双重窒碍，处事一向果断明快的恭亲王，在这一件京里京外瞩目关怀的大案子上，显得十分懈怠，仿佛竟忘了这件事似地。
他的心情，最了解的是文祥和曹毓瑛，然后才数到宝鋆.宝鋆一向以恭亲王的意旨为意旨，曹毓瑛资格尚浅，进言要看机会，唯有文祥，认为恭亲王这样拖延着不是办法，觉得非要说话不可。
他为恭亲王指出，胜保的被革职拿问，重要的是在一个“问”字。