不久，皇太极派阿什达尔汉到这些地方宣敕，以后如征察哈尔，凡管旗诸贝勒年七十以下，十三以上，俱从征，违者罚马驼，不至约会之地者也罚马。
天聪三年（明崇祯二年）十月至天聪四年（明崇祯三年）正月，皇太极在明朝关宁锦防线难以攻克的情况下率军从蒙古突入内地，攻打北京失利，史称“己巳之变”。
天聪四年正月，皇太极领兵攻占遵化、永平、迁安、滦州四城。他决定巩固已占的四城，在关内打进一颗钉子，以为据点。
明廷调集各路大军，组织反攻，收复永平等四城，后金兵败归沈阳。皇太极因失已得四城，感伤堕泪，大小诸臣，见之无不流涕。
皇太极本人有很好的文化素养，这时他推行了振兴文教的措施。
天聪三年（明崇祯二年）首先提出“以武功戡乱，以文教佐太平”，一改其父努尔哈赤屠杀文人的政策，并于当年进行考试，选取了满、汉、蒙古生员二百人。
他已认识到发展文教对治理国家的重要性，说不能认为不读书不会误事。
规定从天聪六年（明崇祯五年）起，凡贝勒大臣子弟年十五以下，八岁以上，俱令读书。他派人丈量土地，将各处余地归公，发给民户耕种，不许旗主、贵族再立庄田。
又把原来每13名壮丁编为一庄改为每8名壮丁编为一庄，其余汉人，分屯别居，编为民户。
并下令编审壮丁，解放部分奴婢为编民。这些措施，使满族贵族的特权受到一定制约，有利于发展农业生产。他极力学习汉族文化，命儒臣翻译汉字书籍。
皇太极积极削弱其他三名贝勒，天聪四年六月，皇太极利用二贝勒阿敏弃滦州、永平、迁安、遵化四城败归为口实，召集诸贝勒大臣会议，定阿敏罪状16条，将阿敏送高墙禁锢，永不叙用，不久阿敏病死。
天聪五年八月，在大凌河之战中，皇太极和三贝勒莽古尔泰发生口角，莽古尔泰拔剑相向，皇太极以此为由将莽卉尔泰治罪，革去大贝勒名号，降为一般的贝勒，夺其五牛录的属员，罚银万两及马匹若干。莽古尔泰后因气愤暴卒。
至此，三大贝勒只剩下大贝勒代善一人。同年十二月，当诸贝勒提出莽古尔泰“不当与上并坐”。
代善立即说：“我等奉上居大位，又与上并列而坐，甚非此心所安。自今以后，上南面居中坐，我与莽古尔泰侍坐于侧”。
他主动请求退出并坐，得到皇太极允准。
天聪六年（明崇祯五年）正月初一日的元旦朝贺中，皇太极接受礼部参政李伯龙之建议，废除“与三大贝勒俱南面坐”、共理朝政的旧制，改为自己“南面独坐”，突出汗位独尊地位。
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