他将四品以上官员名单贴在宫内文华殿壁墙上，平时熟记，做到心中有数，意在掌握官员动态，不受蒙蔽。他每天上朝听政，除早朝外，还恢复早已废弃的晚朝制度，他常披阅奏章到很晚，从来不允许太监代批奏章。有一天，仁寿宫起火，人慌马乱的救火，忙了一夜，朱祐樘没合一会眼，因此他没去上朝，就特地派人到朝堂向众大臣说明原因，向众臣请假。
在用人准则上，朱祐樘遵从唯贤唯德，大量重用贤才之士，这样，形成“弘治朝中多君子”的太平盛世局面。他制定了严格的官吏考核制度，提拔选调官员主要以政绩为主。待臣宽厚待臣下很宽厚，能推心置腹，从未鞭打过大臣，因此，君臣之间亲密无间，形同一家人。对臣下宽厚平和，京官夜返家中时，必派铺军执灯传送，这些事虽不算大，但作为一个封建皇帝能如此曲体臣下，确属相当不易了。这样，一大批以廉洁、勤奋、有事业心、以国为家的贤臣得以有机会施展才干，出现了历史上少有的良臣大集合。
朱祐樘还广开言路，虚心纳谏。每天的早晚朝之外，还每天两次在平台召见有关大臣议事，称为“平台召见”的朝参新方式。
严管宦官鉴于前朝宦官专权乱政的教训，孝宗对宦官严加管束，东厂、锦衣卫再不敢任意行事，只能奉守本职，因而几任锦衣指挥大致都能持法公允，用刑宽松。这是明中后期其他朝代所罕见的现象。废除苛法朱祐樘更正律制，对刑罚运用十分慎重。
1500年，制定《问刑条例》，1502年，编成《大明会典》，删除了原《大明律》中多项残暴的法令。他命内外慎刑狱，任用的执法官吏比较贤明公正。在位时期官员任用官吏内阁刘吉、徐溥、刘健、丘濬、李东阳、谢迁。文臣吏部尚书王恕、耿裕、屠滽、倪岳、马文升，户部尚书周洪谟、韩文、周经、佀钟、叶淇，礼部尚书傅瀚、徐琼、张升，兵部尚书余子俊、马文升、刘大夏，刑部尚书闵珪、白昂、彭韶、何乔新，工部尚书徐贯、刘璋、曾鉴，两都御史史琳、戴珊、李蕙、王宗彝，宦官何鼎、蒋琮、李广。
轻徭薄赋朱祐樘体恤民生，善待百姓，他常常减免地方的赋税。地方官奏报因灾情免赋的要求，他都无一例外地下旨同意。免税粮之外，他还给贫民麦种、牛种。他还禁止宗室、勋戚奏请田土及受人投献，禁止势力人家侵夺民利。有一次，朱祐樘特地派遣手下人送羊送酒到黄河工地上，犒劳治理黄河的刘大夏及河工人员。兴修水利明孝宗在内政治道上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。
弘治二年（1489年）五月，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领5万人修治。弘治五年（1492年），苏松河道淤塞，泛滥成灾。孝宗命工部侍郎徐贯主持治理，历时近三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。
孝宗力求节俭，诏减皇宫的开支与供奉，不大兴土木，主张节约费用，缓解人民负担。他屡次下诏，禁止宗室、勋戚侵占民田，鱼肉百姓；还多次下诏减免一些地方的夏税、秋税。这些都十分有利于缓和社会矛盾和社会危机。正统、成化年间，农民起义不断，有几次声势还相当大，而弘治一朝却几乎没有大规模的农民起义。
孝宗“恭俭有制，勤政爱民”，其中可能有溢美之词，不过，与前后几朝相比，弘治时期的朝政的确算是清明的。明代历朝国家赋税收入，洪武、永乐、宣德三朝为高峰。正统年间，由于将江南重赋官田改依民田起科，赋税收入锐减至二千六百余万石。从此以后，景泰、天顺、成化始终徘徊于二千五百万至二千六百万石之间，而弘治朝却增至二千七百万石，成为明中叶赋入高峰。
其实这不仅是赋税的增加，人口也一直在比较稳定地增长，从弘治元年（1488年）至弘治八年（1495年），人户由9113630户增至10100279户，至弘治十四年（1501年）更增至10408831户，弘治十七年（1504年）达10508935户，人口数则由弘治元年（1488年）的50207934口，增至弘治十七年（1504年）的60105835口。
弘治中兴弘治元年（1488年），他采纳大臣的建议，开设大小经筵。这一制度是在正统初年制定的，大经筵，每月逢二、十二、廿二日举行，主要是一种礼仪；小经筵又称日讲，君臣之间不拘礼节，从容问答，是重要的辅政方式。大小经筵制度，在宪宗朝时一度废置。孝宗开始坚持日讲，同时，又在早朝之外，另设午朝，每天两次视朝，接受百官面陈国事。孝宗勤政图治的做法，与他父亲的怠于朝政形成鲜明的对照。
由于孝宗锐意求治，朝廷上下，文武百官纷纷上言，或痛陈时弊，或广进方略。马文升上时政十五事，包括选贤能、禁贪污、正刑狱、广储积、恤士人、节费用、抚四裔、整武备等诸多方面，孝宗无不大为赞赏，一一付诸实施，这对弘治朝兴利除弊起了积极的作用。
维护统一朱祐樘重视军事，极力维护国家统一。他在位时期，明军先后三次收复哈密，其中第三次也是规模最大的一次武力收复。
羽奴思统治吐鲁番地区后，开始与明朝争夺对哈密地区的控制权。1488年，朱祐樘令罕慎袭封哈密忠顺王，“给金印，冠服”，对新疆的实际控制。同年，羽奴思之子阿黑麻躬至哈密城下，诱罕慎盟，执杀之，复据其城，而遣使到明朝入贡。明朝识破其诡计，只得献还哈密金印。1493年，阿黑麻再次攻占哈密，令其尊长牙兰守护哈密，并不时抢掠沙州等地威胁各卫归顺，为患不已。1497年，明马文升前往平抚，汇同河西诸卫及诸部落族数千人，袭哈密城，牙兰等人逃跑，哈密收复。当时朝廷中有人主张放弃哈密，但朱祐樘主张坚决出兵收复哈密，并立即委派马文升为元帅，大败吐鲁番军，收复了哈密。
他爱护武将，如马文升在兵部尚书任上，一次就罢免了三十多名不合格的军将，得罪了许多人，朱祐樘坚定地支持马文升整军，甚至还特地派一些大内侍卫保护马文升。他下令命任何人不得役使团营军士。对鞑靼小王子、火筛的反复多次入侵，均进行有效打击，使其败走。
最著名的战役有：1488年都指挥廖冰击败小王子于兰州。1497年甘肃总兵官刘宁败小王子于凉州、1500年甘肃参将杨翥败小王子于黑山、1503年朱晖袭小王子于河套。
朱祐樘奉行和平政策，采取积极防御抗战的战略。特别是鞑靼小王子，时战时和，不时侵扰明境。朱祐樘统治期间，对鞑靼小王子、火筛等的多次入侵只是采取抗战驱赶之策，没有劳师远征，没有深入沙漠主动出攻击小王子、火筛老巢，更没有主动对邻国发动大规模征战。对此，史家褒贬不一。但其他邻邦或属国如安南、暹罗、乌斯藏、琉球、占城、撒马儿罕、火剌札、爪哇、日本等，则不定期来明朝入贡。
孝宗的文化修养，首先得益于他较早的合法的取得了皇太子的地位。六岁时就被父亲宪宗立为太子，9岁的时候就出阁讲学了。
皇太子出阁讲学是接受正规教育的开始，担任教育的官员一般都是学养深邃之人。
所以，孝宗从九岁出阁讲学到十八岁（虚岁）即位，整整接受了非常正规的九年教育。三德才艺他在太子时期，得到博学多才的程敏政、刘健等人的指点，熟读经史，养成“仁孝恭俭”的品格。即位后仍然手不释卷，经常阅读《孝经》、《尚书》、《朱熹家礼》、《大明律》，稍有疑问立即请教儒臣法吏，无怪乎人们称赞他是明朝最为遵循儒家伦理规范的皇帝。
中国古代有“三不朽”的说法，指立德、立功、立言。在明代皇帝中，尽管孝宗在遵守儒家的伦理上做得算是最严谨的了，却不愿放弃他对于艺术的爱好。《明史·艺文志》，可以看到孝宗有《诗集》5卷，可惜已经失传。除了在诗歌方面的兴趣，弘治皇帝对于绘画、弹琴也很喜爱。
清人姜绍书就提到弘治皇帝爱好绘画与琴道的事情。在士大夫们看来，皇帝喜欢乐曲，恐怕将来会滑入贪图享受的深渊中。因此，一些专门负责纠察朝政的言官们就纷纷上疏，劝说弘治皇帝不要耽于声乐，而要把更多的精力放在修养身心之上。
弘治皇帝总是表面上接受，私下里却对旁边的太监们说：“弹琴何损于事？劳此辈言之。”意思是说，弹琴与政务又有什么冲突呢，要你们多嘴。他本人对言官的劝谏虽不以为然，却也不以为忤，这正表现了他宽容的一面。他还尽可能地避免来自士大夫们的批评。