周琅发现，即便王辅茞死了，科举依然是周琅最大的一块心病。
平心而论，科举制度是有千般的不是，但相比这个时代绝大多数国家选拔政府官员的制度，科举依然是最公平的。英国人流行的是买官制度，文官如此，武将也如此，鼎鼎大名的威灵顿是一路买官爬上去的，当然他也确实是有真本事。欧洲直到法国大革命之后，才开始打破了贵族垄断权力的现象。
科举则由于天下读书人都重视，都关心，从底层读书人到高高在上的皇帝都把科举当成头等大事盯着，所以科举这件事跟后世的高考一样，几乎是腐敗的封建王朝中唯一公平的事情，尽管总是出现各种科场舞弊现象，但相比整体的官场腐敗来说，科举制度本身已经是极为干净的。
正是因为这种重视，让周琅这个开国皇帝想动科举，都如同踩了全体文官的尾巴一样。开国皇帝的威望，确实可以做绝大多数事情，只有极个别的事情无法做到，周琅知道朱元璋身上发生的一个故事，朱元璋因为对孟子那种“民为贵，社稷次之，君为轻”思想不满，想把孟子从孔庙中挪出去，“罢免孟子配享孔庙”，不让天下读书人祭祀这个亚圣。
大臣们纷纷上奏反对。朱元璋态度强硬，表示谁敢反对就以“大不敬”罪处死。
大部分官员沉默了，但总有人站出来，刑部尚书钱唐坚持要进宫为孟子求情，朱元璋命令金吾侍卫将他在殿前活活射死。钱唐肩臂之上各中两箭，鲜血直流，依然往宫里闯。朱元璋敬佩他是条汉子，最后才免除了罢免孟子这件事。
周琅自认他永远不可能有朱元璋那么蛮横，那么不讲理，而他发现，改革科举这件事，恐怕在读书人的心理上，真的跟罢免孟子是一个级别的，除非有足够的把握，他绝不会在碰科举这个逆鳞。
在答应王辅茞的时候，周琅终于想到了一个替代方案：将科举包容进系统教育中来。
让科举既不是最高一环，也不是最低一环，而是作为一个重要的中间环节。
科举分为院试、乡试、会试和殿试，周琅将其打散融入学校教育体系。
目前的学校还无法做到普及教育，这不是颁布一个法令，或者投入资金就能解决的问题，根本找不到足够的专业人才。真正的学校教育快速扩张，其实也就是最近十多年的事情，大周三年周琅从法国请来科学院，开办了第一家师范学校，然后师资力量迅速壮大起来。到现在全国各地，至少每个县都有一所新式学校。教材都从直接翻译西方课本，现在已经可以独自编写了。
但是一个县一个学校，显然远远不够，奥地利的玛利亚·特蕾西亚在1748年以割地赔款的屈辱方式保住了自己的王位之后，就颁布了六年义务教育法，奥地利人从那时候起已经开始进行全面普及教育了，特蕾茜女王说，文明终究会战胜野蛮，她说的野蛮是普鲁士，从奥地利手里野蛮抢走了西里西亚的普鲁士国王腓烈特二世，可惜的是，这个女王眼里的野蛮人也紧随其后，推行普及教育，最后在德意志邦国的竞争中，还是军国主义的普鲁士，战胜了艺术主义的奥地利。
从特蕾茜女王改革开始，到现在已经过去了大半个世纪，可以说新一代的奥地利人和普鲁士人在教育水平上，已经超越了同时代的所有国家，中国的科举固然先进，可在基础教育上已经落后。
义务教育只能通过高效率、集约化管理的学堂，而不可能依靠私塾、家庭教师这种口传心授式的面对面教育方式，英国的国力都无法做到，更何况工业化水平还很低的中国。
所以周琅决定，将科举这种对读书人具有强烈吸引力的选官模式跟学堂教育结合起来，规定通过院试之后，也就是考中秀才之后，就可以进入官学校进行学习，之后一步步走向官场。靠秀才显然比考举人、考进士容易的多。而且传统科举中，院试也是第一步，这样就保证绝大多数智力水平较高的读书人，都可以被学校教育所覆盖。
这等于是给传统士子一条更便捷的通往官场的渠道，结果推出之后，不但没有引起反对，反而得到了底层读书人的拥戴。但反对者依然有之，这些反对者并不是以科举做官的功利目的为动机而反对的，而是对学校教育的内容始终反对。这是一群儒道的卫道士，这些卫道士的基础很雄厚，从乡间的老夫子到朝廷重臣都有，这是一群思想上的顽固派，很难改变。
为了平息这些人的不满，周琅并没有取消科举中的乡试、会试和殿试等形势。不过从秀才阶段就截流的情况下，乡试、会试和殿试就真的有些沦为形势了。再有官学校为更容易的公务员培训渠道的情况下，基本上很少有人会执着于传统的科举。