匆匆赶来救援的三位城门守将，却发现总督马士英都已经死掉了，他们跟朝廷作对肯定不会有什么好下场。
于是，几人纷纷上前拜见史可法，表达了对皇上、对大明朝廷的忠心。
史可法满意地点了点头，然后命令全城戒严，进行军事管制，并开始搜捕马士英叛贼余党。
将总督府的战场打扫干净，战后事宜安排妥当后，史可法亲自出城，去位于城北的凤阳大营释放刑部尚书张慎言。
看到史可法出现，已经被看守士兵折磨得筋疲力尽的张慎言不甚唏嘘，叹道要不是史可法及时出现相救，恐怕他就要忍不住撞墙自尽了。
张慎言全身是伤，都是被马士英派来的看守折磨的，但还好都是皮外伤，没有内伤，养一段时间就好了。
史可法对他宽慰了一番，道皇上会记得他的功劳的，请他安心养伤，回到南京继续为皇上效忠。
然后，史可法再回到城内，坐镇凤阳府处理军务，安抚民心。
虽然战斗只在总督府一隅之地发生，但城内军队的调动厮杀声还是惊醒了无数睡梦中的凤阳老百姓。大家整个后半夜都没有睡踏实，生怕发生了什么叛乱，让凤阳府陷入战乱，老百姓就没什么好日子过了。
还好，史可法及时派人贴出的告示告知了大家，只是马士英等一小撮人犯上作乱而已。叛乱已经被兵部尚书史可法率领官兵平定了，让大家不要惊慌，照常生活。
天亮后大家打开门，看到街上没有任何混乱，加上史可法贴的告示，也让大家放下了心，开始照常过日子。只是暗地里议论一下马士英堂堂总督，怎么就成了叛贼，被朝廷给剿灭了呢。
六月二十四日早上，史可法亲笔签署的军令向四面八方的传了出去。史可法下命令让凤阳城外的各大军营、辖下各县卫所的主要军官必须于六月二十七日前赶到凤阳城向他报道，并且不得带一兵一卒。逾期不到者，视为马士英叛贼余党，予以剿灭。
三天过后，接到史可法军令的凤阳中都留守司辖下各大军营、卫所的军官都赶到凤阳府向兵部尚书史可法报道了。只有颍川卫指挥使马士岭带着亲人家眷，在数十名亲兵家将的保护下，连夜离开颍川，向北方逃跑，投靠大顺去了。
因为，马士岭是马士英的族房堂弟。听到堂兄马士英被史可法当叛国贼杀了，马士岭自然不敢自投罗网，跑来见史可法。
不仅不敢来见史可法，他反而当机立断，带着亲人家眷连夜逃跑了，生怕被史可法当马士英的同党抓起来。
一个小小的卫所指挥使逃跑，当不得史可法去追捕，只是派了另外一个军官前去接收了颍川卫的指挥使职务，履行颍川卫的防卫工作。
马士英叛党集团的覆灭，给江北其他三镇总兵造成了极大的震慑。
江北四镇总兵手中掌握的军队，加起来有近二十万人，占到南京朝廷现有正规军的一半，实力相当雄厚。高杰、刘泽清、黄得功三人得到马士英的传信，邀他们结成联盟，拥兵自重、共同进退，三人也是有点蠢蠢欲动的。