随着巡察司、清田司官吏派出，兖州府、东昌府，鲁西各府县一片骚乱，无数州县官吏被抓，众多士绅被抄家......
而胶东三府，闻香教农民军愈演愈烈，已经席卷了胶东之地，参加造反的百姓规模达二三十万之多，诸城、胶州、平度州、即墨、莱阳、招远，胶东三府十多座县城先后被农民军攻占，各府卫所军队陆续和农民军作战，却陆续战败，龟缩在登州莱州城中再不敢外出。
叛军聚兵十余万，正在围攻莱州府城。
好在皇帝征调的大军终于赶到，周遇吉率领辽东军队在登州水城登陆，赵率教率领的京师禁卫也到了青州府城，张世泽则率领大军从莒州出发，攻占了诸城，三路大军从三面把农民军合围。
一时之间，整个山东风云激荡，朱由检身边一众官吏如洪承畴等人皆整日忙碌不休，然而此时，有一个人却被遗忘了，感到非常的委屈，这个人便是内阁大学士温体仁。
温体仁很委屈，非常的委屈！
他堂堂一个大学士，内阁阁员，在伴随皇帝南下的官员中官位最高，却被皇帝丢在了济宁州不闻不问。
一开始的时候，他是南巡行军大总管，负责两万人的行止食宿，负责和地方官府接洽等等，权力是何等的大。
谁知道到了山东之后，一切突然就变了。
因为两个宗室在德州告状，皇帝竟然带领数千军队脱离了大队人马前去济南府处置德王，那兵部尚书洪承畴得以陪伴在皇帝身边，而他这个堂堂大学士大总管却不得不率领剩下的人马打着皇帝仪仗去济宁州当幌子。
而到了济宁州，一驻扎就是两个多月。皇帝在济南府查抄德王府，抓捕济南城官吏，清田抄家搞得轰轰烈烈，便是随同自己来到济宁州的张世泽也被派到曲阜处置衍圣公府，而他这个大总管却一直呆在济宁州，哪里都不得去。
查抄德王府，对付衍圣公府，接下来皇帝竟然宣布对山东宗室进行改革，要对所有宗室进行恩科考试，考试通过便能充任官吏，而为了给这些官吏腾出位置，皇帝竟然以查贪腐的名义，把各个府县衙门官吏一扫而空。
千里当官只为财，俸禄这么微薄，当官的哪有不贪的，胥吏们没有升迁的机会，自然也拼命的贪钱，以查贪为理由自然是一拿一个准，于是各个州县无数官员胥吏下马，那些考试通过的宗室则摇身一变成为了新的官吏，看的温体仁直摇头。
陛下啊陛下，你就算心疼您的这些宗亲，也没必要对这样作吧，这些宗亲都是被养废了的，他们根本不懂得做事，让他们当官吏非得把衙门事情搞坏不可！
一开始的时候，温体仁认为朱由检是出于维护宗室的私心才这样做，然而后来，朱由检又举行考试招纳读书士人为吏，温体仁才感觉有些不对。相对各个府县人数众多的官吏来说，宗室们的数量毕竟是少数，安插进府衙县衙影响也不是很大。但皇帝却大肆招募贫困读书人，用这些读书人代替原来的官吏，这分明是把原本的官吏完全替换掉的架势！
而且皇帝很快又成立了巡察司，专门对这些新的官吏进行监督，而这些稚嫩的宗室读书人当官为吏后，虽然只是经过简单的培训，却爆发出了极大的工作热情，把府衙县衙等事务搭理的井井有条。而且这些人很是清廉，得到了百姓的交口称赞，眼看着地方吏治竟然难得的清明了起来！