朱翊钧不知道的是，臭名昭著的宗教裁判所，在现阶段其实是欧罗巴公正的基石。也就是说，此时的宗教裁判所并不像后世宣传的那样恶劣，相反他带给大陆诸国教民以仁慈——大量的本应被不学无术领主处死的所谓“异端”，在宗教裁判所相对专业的认定下，得到了无罪开释。
原时空的公元两千年，梵蒂冈为了搞清楚宗教裁判所到底发生了什么，保罗二世开放了宗教裁判所的所有档案，欧洲历史方面的三十位专家进行了充分的研究，发现历史真相与普罗大众之间的确存在着一条鸿沟。
朱翊钧在此就犯了一个错误，他把后世以为真理的“常识”带到了范礼安这些传教士精英面前，还理所当然的将之视为有力的一击。殊不知如果他不是皇帝的身份，这几位传教士会嘲笑他一脸。
范礼安和罗明坚对视一眼，示意罗明坚回答。罗明坚斟酌了一下词汇，小心翼翼的道：“陛下，我不知道您是从什么渠道得到了宗教裁判所的‘恶名’，跟您说起宗教裁判所的谣言的人，必然怀着对罗马教廷的恶意。”
“事实上，现在的欧罗巴诸国的法律，都认为异端邪说是一种犯罪。而宗教裁判所的主要作用，是及时的将那些国王、领主要处死的‘异端’从绞刑架下解救出来——毕竟，不是每一个教民都具备足够的知识，来证明他偶然做出的渎神的行为，不代表他就是‘异端’。”
“裁判所成立三百年了，被定罪的‘异端’还不到被逮捕教民的百分之一。在此我也恳请您理解，在欧罗巴，天主教不只是人们在教堂里实践的东西，它就是科学、哲学、政治和个人拯救的希望。它不是如同贵国民众的一种个人宗教偏好，而是被当做一种永恒普遍的真理，社会稳定的基石——那些不学无术的国王和领主，根本搞不清楚异端的本质，就乱开杀戒。宗教裁判所用自己的专业知识予以鉴定，正体现了上帝的仁慈。”
尽管罗明坚说的语气和缓，但皇帝加于罗马教廷的侮辱，还是让他的声音中带出来些委屈。长篇大论之下，朱翊钧的脸也难得的红了红。他只能带着点歉意温言道：“那是朕偏听偏信了。”
顿一顿又道：“但是在中国，没有异端一说。任何中国人都有选择宗教信仰的自由。相信你们已经看过了朕的诏令，任何人不得以任何理由——包括宗法、家庭关系，胁迫任何人信仰宗教。在朕的国度，没有信仰也是自由的。”
范礼安连忙道：“陛下，这些我们都完全理解而且拥护。我们的到来，可能是上帝的旨意，让我们面对面的向您解释，何为真正的基督。我想，在祂的眼中，您所拥有的国度，还没有人沐浴在基督的光辉之下，是诚为可惜的。”
朱翊钧听范礼安将话题又转到传教上，就不再纠缠于宗教裁判所的问题。他接着道：“嗯，朕说过，如果你们能适当的修改你们的经文，朕不反对你们传教。但.......朕直说了，基督教必须在帝国宗教司的管理之下，为朕的国家和民众服务。你们如果想要兴建教堂传教，除了遵守宗教管理的诏令之外，还需要体现出你们的诚意。”
申时行在一旁听了，心内抚额。心说我们都知道皇上您“实事求是”，喜欢捞干的，但您这也太赤裸了！让我们中华上国情何以堪。
范礼安闻言，心说果然，这皇帝确实讲究实际。虽然使团一路上对此有过探讨，但面对富有四海——真正的富有四海的文明帝国，他们拿得出手的东西也确实不多。
斟酌了一下语言，范礼安道：“尊贵的陛下，感谢您的仁慈和宽大。关于您修改经文的要求，我想梵蒂冈是不会同意的。但我可以向您保证，来到中国的传教士，不会讲授有关您反感的内容。”
朱翊钧斟酌了一下，点头道：“可以，我准许你们这样做。我也会派人检查你们的每一份送出去的《圣经》和小册子，查验是否有违反禁令的内容。”
于是，关于圣经中杀戮异端的内容，传教士们让了一大步，朱翊钧让了一小步，传教士们用不可思议的让步，跨过了传教事业最大的阻力。
利玛窦听罗明坚翻译范礼安和皇帝的话，脸色苍白，不停的画着十字。而伊内斯嘴角噙着微笑，对传教士们明显违反教义的行为好像喜闻乐见。
范礼安接着道：“我们传教士身无长物，所能贡献的可能未必达到陛下的要求。”嗯，申时行一听，皇帝敲竹杠还真敲出东西来了。
范礼安道：“陛下，我想您已经关注到了繁荣的香料贸易。我们在广东，也看到了贵国的商船。恕我直言，贵国的工匠好像还没有掌握最新的远洋快船的制作方法，我看到他们用的都是硬帆。这尽管能做出大船来，但借不到逆风，几乎没法在非季风季节进行远洋航行。”
朱翊钧点头道：“嗯，你接着说。”
范礼安咽了口唾沫，道：“我们教廷可以向您提供优秀的造船工匠，并提供最新的软帆快船的制造技术。”