尤其是以六科来做公文审核这一环节，在朝政中极为重要，凡朝廷政令之弊，未发之前六科先纠之，是施政纠错的重要一环。
虽然六科发展到现在，有“比来皆不闻一言及于军民利病”、各怀权谋心计、甘当大臣鹰犬等等弊病，但这是体制带来的人事问题，需从头慢慢厘清，此际不可操切。
但余懋学上本后，朱翊钧突然想明白张居正为何稳坐钓鱼台八风不动了，这是要试试他朱翊钧的成色啊。
张居正的政治表态是，你不是要变法么？你不是要复仁宣之治么？这考验来了，您看着办吧。
若此际是原时空，还是李太后和冯保在内廷主政，张居正就会发展出“当国者舍我其谁”之念，这会子早给这李太后这政治盲出主意了。
不过现在换成朱翊钧，张居正和皇帝之间，不像原时空“吾非相、乃摄也”的政治关系，而是类似于宋神宗和王安石的关系，一个主导内政落实各项改革举措，一个提出方略并在后方支持。
如此一来，张居正当然要试试皇帝的抗压能力。以后的改革只会越来越难，最高统治者没有强大决心、意志，一切都是空谈。张居正初期无动于衷，就是看皇帝能给他表个啥样态度。
想明白这一点，朱翊钧才知道自己想差了。自己仍按照原时空张居正的主政特点来处理这事儿，竟成了“两个和尚没水吃”。如果在王琢玉第一本时就施以雷霆，大伙儿早消停了。
现在想明白也不晚，朱翊钧当日即下旨，将王琢玉这个起头的和余懋学这个最高调的，诏狱究问！
在原时空，李太后的代言还是很稳的，回复也很女人——“朕以冲年嗣位，日夕兢兢谨守。祖宗成法惟恐失坠，近年所行不过申明旧章，修举废坏，未尝妄戮一人，过行一事。其于祖宗法度，十未行其一二。何得便谓之操切！”
瞧瞧，像不像刚掌大政的委屈小媳妇？我只不过是把过去的规定申明一下，一个人没有妄杀，一件过格的事儿没做。我遵守祖宗法度唯恐不周到，你咋能冤枉我“操切”呢？
后面这段应该是张居正提供的处置手段了：“余懋学职居言责，不思体朝廷励精图治之意。乃假借惇大之说邀买人心，阴坏朝政。此必得受赃官富豪贿赂为之游说。似这等乱政奸人，本当依律论治，念系言官，姑从宽。革职为民，永不叙用。”
这段话就刚强的多，搞不好就是张居正给冯保递的小纸条，原文直接变成圣旨。
在朱翊钧所处时空，他却说不出这样的话来。一方面他已经悄咪咪的改了许多祖宗法度，另一方面，他杀人也有点多，写不出李太后当年代言的真情实感。
当然，还有一条原因是，朱翊钧是历史爱好者而不是明史专家，他不可能知道余懋学，更不可能知道当年李太后和冯保是如何批红的。
本时空，朱翊钧经过深思熟虑，作出了一个高屋建瓴的批示，对整个朝廷监察系统都有指导意义。如下：
“太祖言：‘御史台、提刑按察司等，乃耳目之寄。务能振肃百司，慎选贤良方正之人，以佐朕不逮。’此后列祖列宗，凡御史、六科之选，曰慎曰肃。专设行取，唯贤良方正是举，最为清流华选。”
“朝廷待之也厚矣！俟有劳绩，两转而擢京堂，不期月而简开府，年例则一岁而转方面，诚重之也。”
“然今之台谏如何？一者，人各有心，众各有欲，累牍连章，烦渎天听；往日大事不行，小事则否，如今大、小事皆不行矣。若事事都争而不行，补阙、拾遗何用？”
“二者监察失能。或捕风捉影，或挟私妄讦；或缄默苟容，或颠倒黑白。有明知奸恶，庇护党类不肯纠参；更有诬陷良善，驱除异己，混淆国事！”
“今之王琢玉、余懋学等辈，徇私党比，以求直名；卖放朝廷之本章，以报赃官富豪之贿赂。锦衣卫等要着实究问，此辈党同何人，离间君臣，逞谁之利？”