印尼政府虽平息了几座大城市的骚乱，但对于各地此起彼伏的武装叛乱，却是未能扑灭干净，各地的分离武装反而成越剿越多之势。这看似有些反常的形象，却完全在情理之中，各地的分离组织得到大趣÷阁资金援助后，再加上印尼国内经济彻底崩溃，民不聊生，如此天赐良机，哪还不使劲的扩充自己的实力？亚齐民族军，在短短两个月内，就从原先的游击队规模将兵力扩充到了五千多人的全武装军队，再加上有接近百人火力强劲的雇佣军团做为教导团，实力迅速增强。而巴布亚自由军也借此良机成立了一只规模三千多人的独立军，加上佣兵团的参与和指导训练，实力也是不可小觑。其他各地的分离组织也纷纷组建自己的武装部队，跟政府军正式展开军事对抗。一个个斗志昂扬，誓要争取自己的民族解放。相对于各地分离组织的士气高昂，印尼政府军这边却是士气低落非常。印尼国内因为经济萎缩，政府背负着巨额的外债，基本上已无力偿还，国库空虚，印尼国会早有裁军的议案，而现在印尼军队中军人一些原本有的福利待遇也因为没钱，大幅度的缩减。底下的士兵，更因为值勤的时候，常常遭到不明武装份子暗地里的冷枪偷袭，各地驻军常有此类的死伤报告，导致军队内部风声鹤唳，人人自危。
此消彼涨之下，印尼的局势逐渐朝着有利于各地分离组织的方向发展。到了十二月中旬的时候，印尼那边终于传来了一个好消息，亚齐民族军，在经过与印尼政府军两个多月的激烈交火，打退了政府军三次的围剿行动，将当地政府军赶出了亚齐省，“自由亚齐运动”组织正式对外宣布亚齐独立，并组建临时政府。印尼政府对此当然进行强烈的谴责，坚决不予承认，企图调派更多的军队对其进行猛烈打击。
但两天不到的时间，还在跟政府军进行激烈交火的巴布亚独立军也惟恐落后的对外宣布巴布亚独立，组建临时政府。
然后，印尼各地的其他分离组织，也不管是不是还没将政府军赶出领地，都纷纷宣布脱离印尼独立。
面对国内已经开始糜烂的局势，印尼总统哈比比召开新闻发布会，对各地的分离组织进行强烈的谴责，并宣称政府军将对他们继续展开毁灭性的打击，维护国家的统一，最后的胜利一定属于印尼和印尼人民，同时他也公开谴责国外资助印尼各地分离组织的个人和组织，隐隐将矛头指向了华人政府和澳洲政府，表示印尼政府将保留对进行报复的权利。
这则声明发出没多久，首都雅加达的一警察局大楼发生特大爆炸案，当场炸死五十多名警察，伤者上百。
第一时间，“亚齐自由运动”、“巴布亚自由运动”等不下五家分离组织都公开表示对此次爆炸案负责。
仅隔一天，印尼第二大省，东爪哇省的省会泗水也发生了酒店连环爆炸案，造成二十几人死亡，数十人受伤。这个针对平民的爆炸案，倒没分离组织出来宣称负责。但印尼政府当然将这次的爆炸案也算了在他们头上。
当天，在首都雅加达还发生了一件不为人知的事件，印尼前总统苏哈托遭到了暗杀，侥幸两个贴身保镖发现及时做了肉盾，让他逃过了一劫，不过，他毕竟年纪大了，受此惊吓后，心脏病突发，被紧急转入医院进行抢救。
这个结果，当然是因为陈锋嘱托梅塞尔，而梅塞尔嘱托其得力心腹暗中发布的国际悬赏刺杀令关系。其中用一亿美金买苏哈托的老命，他的女婿陆军中将普拉博沃的一条命也价值一千万美元，印尼国防部长维兰托则价值八百万美元，此外还有一系列的印尼政府官员和军队将领，名单总人数刚好三十人，悬红总价值在两亿美元。因为这三十人里面只有少数几个没有参与过华人屠杀的，悬红的主要目的当然是为了替被他们害死的华人报仇雪恨，顺带着也让现今的印尼政局乱上加乱，以利于各地分离组织的发展壮大。
这刺杀令发出还不到一个星期，就有人直接找上了苏哈托这位杀人魔王，让人不得不相信金钱的巨大魔力。
两天后，名单上次要的五个人物，成功被刺杀，其中一名是印尼政府的外交部副部长，此事引起印尼政坛的轩然大波，国会就此事吵做一团。
三天后，名单上又有三名人物被刺杀，其中一名还是军队的少将。
五天后，再有两名政府官员被刺杀的时候。国会通过了弹劾案，弹劾哈比比总统，三分之二票数通过了此项弹劾案。哈比比正式宣布被罢免。
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