在这篇《陈情表》里，凌皓举出了多种三公九卿制不适用于当下秦国的原因，而在文中推出了一种更为新颖且严密的制度——三省六部制。
三省六部制是神州古代封建社会一套组织严密的中央官制。它始于隋朝五省六曹制，确立于唐朝，此后一直到清末，六部制基本沿袭未改。三省指中书省、门下省、尚书省，六部指尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。每部各辖四司，共为二十四司。
在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。各不同时期的统治者做过一些有利于加强君主专制的调整和补充。
尚书省形成于东汉（时称尚书台）时期；中书省和门下省则是形成于三国时，目的在于分割和限制尚书省的权力。
而在这个发展的过程当中，组织形式和权力各有演变，至隋代，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。
汉成帝置“四曹尚书”，即常侍曹、二千石曹、民曹、客曹尚书。此后世六部尚书之滥觞。宋郑樵《通志·职官略》三《尚书总序》：“汉成帝初置尚书五人，其一人为仆射，四人分为四曹。常侍曹，主公卿；二千石曹，主郡国二千石；民曹，主凡吏民上书；客曹，主外国夷狄。”
汉光武帝刘秀在尚书台设三公曹、吏曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚书，为六部前身。西晋时，有吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，属尚书省。
1086年，北宋反变法派执政，改为三省共同议事，奏请取旨，分省治事行下，实际上使三省合一，后习惯上常统称三省。南宋公元1129年，又实行三省合一，二十四司也时或省并，如1129年以礼部兼主客，祠部兼膳部，兵部兼职方，驾部兼库部，比部兼司门，工部兼虞部，屯田兼农部等，还省并若干寺监入六部。公元1163年，又进一步省并六部下属诸司，如以司封兼司勋，礼部兼祠部，兵部兼驾部，都官兼比部，工部兼屯田等。
辽代南面官系统中，设三省六部（其中“中书省”初名“政事省”），设官同于宋制。金、元、明只设一省六部，一省，金为尚书省；元、明为中书省。1380年明朝罢中书省，分中书省之权归于六部。至此，六部取代了三省六部制。
隋文帝时在中央设立三师、三公、五省（尚书、门下、内史、秘书和内侍）。三师、三公只是一种荣誉虚衔。五省之中，只有尚书、门下、内史三省才是真正的中枢权力机构（秘书省掌图书典籍，职任较轻；内侍省掌侍奉宫掖，委以宦官）。三省各有明确分工。
中书省，古代官署名。魏曹丕始设，掌管机要、发布政令的机构。沿至隋唐，遂成为全国政务中枢。隋初称为“内史省”，后改为“中书省”。宋代中书省与门下省合并为一个机构“中书门下”，掌握行政大权，长官为“同平章事”即宰相，其与掌管军事大权的枢密院合称“二府”。
元代以中书省总领百官，与枢密院，御史台分掌政、军、监察三权。门下、尚书两省皆废，故中书省较前代尤为重要。地方行政由中书省外派的“行中书省”即“行省”掌握。明初沿用，洪武十三年废丞相、中书省，由皇帝直接统领六部。明永乐帝时设内阁，机要之任开始归“内阁”。负责起草诏令，明宣宗后拥有票拟奏章的“票拟权”。
尚书省则是官僚机构。
南朝宋时期得名，前身为“尚书台”。由汉代皇帝的秘书机关尚书发展而来。是魏晋至宋的中央最高政令机构，为中央政府最高权力机构之一。“尚书省”的组织机构于隋朝定型。以唐代制度为例：有吏部、礼部、兵部、刑部、户部、工部等六部，下辖吏部、主爵等24司。六部尚书都以所在“部”为名，而郎官以所在“司”为名。负责执行诏令。
三省的长官侍中、中书令、尚书令相当于秦汉时期的宰相。尚书省是国家最高行政机关。其下设吏、礼、兵、度支（后改为户）、都官（后改为刑）和工六部，与诸寺、台分别处理各类事务。每部设尚书为最高长官，总管本部政务。