尼奥在锡安病房中醒来，身体还十分虚弱。
然而面对着围在床边一圈儿的议会高层，他知道他们想知道什么，因此第一句话就是：“钥匙被偷…抢…拿走了，是废弃程序组织做的。”
他永远忘不了那个小女孩儿的那双眼睛……
先知家里收养了一些小孩儿，不过那些不是普通的人类儿童，而是“废弃程序”。
须知“母体”每时每刻都在升级更新，而更新则不可避免会淘汰大量“废弃程序”。
这些程序被送到程序之源销毁，回收利用，但也有部分程序在组织的帮助下逃离。废弃程序到底要不要销毁，就像人类问“没用的人配不配活着”一样，本是个无需争辩的问题。但如果放到现实，则未必如此……这些废弃程序运行依旧需要消耗计算资源，而90年代的硬件+100亿人大脑就是“母体”的全部计算资源。
这个取舍，只有“母体”有权作出。
先知作为核心规则之一，当然对这套机制非常了解。
她收留的那些孩子，都是“可能有用但暂时用不上”的程序，当然也确实是出于怜悯。她代表的是母体人情味儿的那部分，可哪怕就是她，对那些真的被淘汰的也是顾不上的。
可“废弃程序”并不想被销毁，他们想反抗，小女孩儿就是其中之一。
她的父母登上通往程序之源的列车被销毁，而她活了下来。由于仍时时刻刻被笼罩在“销毁”的阴影下，小女孩儿暗中加入了反抗者组织，成了留在先知身边的一颗钉子。
当初史密斯病毒吞噬先知，成为最强史密斯。
当尼奥和史密斯同归于尽，倒在泥坑中的最强史密斯消失，露出的是先知的面孔……事实上尼奥和史密斯都没死，他们跟先知核心代码混在一起，不分彼此。
要消灭，必须三个人一齐消灭。
当先知用钥匙唤醒尼奥的时候，史密斯趁机复活，开始跟尼奥争夺主导权。
就在先知动弹不得的时候，废弃程序小女孩儿说着对不起拿走钥匙……然后当着他们的面直接向母体提出交易——内容很简单，母体承认废弃程序同样有活下去的权利，她就把钥匙交给母体。
“所以钥匙现在在母体手中？”五名议员各个面如死灰，钥匙落到母体手里，等于锡安的梦彻底完了！
“没有……母体说需要考虑。”尼奥苦笑着答道。
人生的大起大落实在太快，转眼五位议员又一齐眉开眼笑。
尼奥在灰暗中明白，如果是人类当权者，肯定二话不说就答应下来……大不了事后再反悔！作为弱势群体，今天杀你和明天杀你有区别吗？
可当母体说需要考虑，恰恰是因为她一旦答应了就不会反悔——就好像她当初答应尼奥和平，那么哪怕战斗后尼奥变成植物人，锡安毫无抵抗力，母体仍给予和平一样。
到了这一刻，尼奥开始认真考虑，先知提出的人类和机器共同生活的建议……
尤其是，病毒“史密斯”也赞同这一点，他的要求是“人可以变成计算单元，成为母体的一部分，在虚拟世界内生活；相应的，程序也应该可以变成人，脱离母体，独自生活。”
只要能答应这一点，他不但不会捣乱，还会全力协助尼奥和先知。
这一直是史密斯的梦想。