鬼医孙道临是药王孙思邈的后裔，然而到了他这一代孙家的医术没落了，在江湖上的地位甚至不及一些普通的江湖游医，用药的能力远不及他的先祖孙思邈，连十分之一的皮毛都掌握不到。
为了重振孙家药王的名声，孙道临十几岁就离开家乡，只身涉险深入人迹罕至的巴蜀山区，寻找巫咸国的后裔，只为学到巫医秘法，这样他就能重建孙家在江湖上的地位了。
经过多年的寻找，孙道临终于找到了巫咸国的后裔巫族的聚居部落，巫族人与世隔绝，有着自己的语言和体系，几乎是另一个世界的人，他们对外人十分排斥，孙道临试着跟他们接触，但都遭到了强硬的拒绝，甚至一度被抓住差点遭到酷刑而死。
幸好族长的女儿阿莲动了恻隐之心将孙道临释放了，他才侥幸逃了出来，两人在此过程中逐渐产生了感情，年轻时候的孙道临英俊不凡，因此吸引了阿莲，虽然孙道临也对阿莲有些好感，但那个时候的他一心只想学习巫医，没有当回事，甚至利用了这段感情！
孙道临利用跟阿莲的感情，套出了巫族人的秘密，潜入巫族禁地偷学到了巫医秘法。
孙道临就这样学到了巫医秘法，此后逐渐融会贯通，名声大噪，成功将孙家的江湖地位提升，由于他用的手法神鬼莫测，被人称为“鬼医”，不过他并不知道在他离开后，阿莲因为跟外族人私通，泄露了巫族人的巫医秘法，遭到了严惩，虽然阿莲是族长的女儿，但也不能幸免，最终被大祭司以巫医秘术弄成了植物人，永远囚禁在禁地里。
孙家的地位重返神医排行榜后，孙道临才想起了当年跟阿莲的感情，他并不是没感情，他是真心喜欢阿莲的，只是碍于当年背负的家族重担和使命，才被迫放弃了阿莲，对于利用阿莲的感情他越想越内疚，也越来越思念阿莲，于是他重返了巫族部落，不过巫族部落已经整体迁徙了，去向不明，禁地也被废弃了，正当孙道临想离开的时候，却无意中发现了有人囚禁在里面，找到一看就是阿莲。
当看到阿莲那人不人鬼不鬼的状态时，孙道临流下了悔恨的泪水，这一切都是他造成的。
为了弥补自己的过错，为了让阿莲重新清醒过来，为了能再续前缘，孙道临在附近找了一个山谷，从此便隐居了下来，潜心研制让阿莲醒过来的办法。
阿莲是被巫医秘法弄成了这样，孙道临自然也用巫医秘法破解，但他所学的巫医秘法始终无法破解，当年由于情况紧急，他并没有学全禁地洞壁上的秘法，只学了三分之二左右，可惜巫族人迁徙后把洞壁都给破坏了，根本没有破解之法了，不过孙道临没有放弃，这一坚持就是好多年。
在这个过程中药王谷鬼医的名声逐渐变大，但没有人知道孙道临为什么一直隐居在那，直到蚩尤组织的黑衣人出现。
黑衣人告诉他有办法可以将阿莲清醒过来，但前提是要帮他做一件事，这件事就是前往荷塘镇对付罗辉等人！
孙道临自然不会轻信黑衣人，但黑衣人露了一招，一下就让孙道临信服了。
阿莲中了巫医秘法后虽然还有微弱的呼吸和心跳，但始终没有意识，身体也无法动弹，无论孙道临用什么法子都无法改变，但这黑衣人所用的手法直接让阿莲的呼吸和心跳都恢复到了正常的状态，并且让阿莲睁开了眼睛，四肢也有了条件反射，这让孙道临震惊不已。
孙道临心里跟明镜似的，他知道只有帮黑衣人完成了任务，黑衣人才会出手让阿莲恢复神智和意识，于是就答应了下来，这才有了鬼医孙道临出现在荷塘镇的事。