崇祯帝又写了一道密诏给袁崇焕，让他乘蒙古受灾之机，多买良马，组建骑兵；于是，袁崇焕召哈喇慎三十六家至于边，亲抚慰，皆听命。辽东督师尚书袁崇焕奏：“辽地千里，今欲尺寸而收之，势所不能。莫若以辽民实辽土，有力者，听其自垦；无力者，酌借屯本为资，俟秋成徵还。自宁远以西及左、右近城者，旧贯可仍。自此而东，久为戎马之场；宜分三等：其近城处泉甘土沃为上者，三年起科；稍远而瘠为中者，五年起科；至於穷边沙卤之场为下者，永不起科”。
崇祯皇帝优诏褒答，叙春秋两防功，加袁崇焕太子太保，赐蟒衣、银币，廕锦衣千户。为早日平定奢安之乱，崇祯皇帝命群臣献策。巡抚贵州左副都御史陆献明言：“安位虽以水西为穴，而贵阳城北绵亘千里，谓之水外，步步仲苗，时时报贼。贼一过河，仲苗群起应之，在滇则安效良、在西粤则泗城等州，而蜀之镇雄四土司皆贼之应援；而奢崇明结贼同谋於水内，故安邦彦等桀骜难驯。若得蜀兵五万分扼於永宁、遵义，滇兵五万进蹙於沾益、乌撤一带，黔兵七八万分布於思腊、三坌、陆广之东西同时并进，则贼可授首也。今滇、蜀既无协应，黔兵仅五万，止分布一面；安能困贼。”
四川监军参议曹大受言：“西南土司，安氏为强。所据之巢，又为天险之隘；水内、水外，尽皆沃壤。如议剿而图大创，在相天时而参地利。安氏寓兵於农，季春、仲夏民皆趋田；驱之即戎，必不能悉众而来：此以实乘虚，天时之不可失也。贵阳至陆广百里，一河深险，天之所以限南北也。陆广至大，方百七十里；贼巢碁置，进退皆难。独毕节一路，诸部交通；今为贼有。故欲进兵，必先取毕节。据毕节，则救援之路塞；然後遵义、永宁同日并举，应接不暇，其锋自折：此剿之策也。但黔、蜀见兵六万，饷乏兵少；不若据险扼要绝其商贩，禁苗仲耕凿之利：此守之策也。不然，镇雄女官，安位实为其甥，令其开谕祸福。酉阳之子冉天胤曾为军前参将，向传目把之书；苟因以通安位，亦便也：此议抚之策也”。
朝臣们一致推荐朱燮元来定安奢之乱，崇祯皇帝于是召朱燮元为兵部尚书兼都察院右都御史，总督贵州、四川、湖广、云南、广西军务，兼督粮饷；移驻贵竹。朱燮元生于嘉靖四十五年(公元一千五百六十六年)，字懋和，浙江山阴人。万历二十年（公元一千九百五十二年）考取进士。除大理评事。迁苏州知府、四川副使，改广东提督学校。以右参政谢病归。起陕西按察使，移四川右布政使。天启元年，迁左布政使。
朱燮元身长八尺，腹大十围，饮啖兼二十人。镇西南久，军赀赎锾，岁不下数十万，皆籍之于官。治事明决，军书络绎，不假手幕佐。行军务持重，谋定后战，尤善用间。将入觐，会永宁奢崇明反，蜀王点名要朱燮元治军。
永宁，古兰州地。奢氏，倮罗种也，洪武时归附，世为宣抚使。传至奢崇周，无子，奢崇明以疏属袭，外恭内阴鸷，佯为恭顺，凡有征调，罔不应命，人渐狎之；奢崇明子奢寅尤骁桀好乱。
天启元年九月，时朝廷以边事急，征四方兵，诏给事中明时举、御史李达征川兵援辽，奢崇明父子请行，先遣土目樊龙、樊虎以数万兵诣重庆。巡抚徐可求汰其老弱，饷复不继，樊龙、樊虎等遂反。樊龙走马舞槊，直刺徐可求，徐可求死，樊龙、樊虎等遂一拥而上，道臣孙好古、骆日升、李继周，知府章文炳，同知王世科、熊嗣先，推官王三宅，知县段高选，总兵黄守魁、王守忠，参将万金、王登爵等皆死之。
原任巩昌同知董尽伦闻变，帅众入城杀贼，遇伏死。募兵科臣明时举、御史李达、通判王天运俱负伤，逾墙遁。时土兵数千，列江岸，城内炮震，城外应之。贼遂据重庆，分兵一扼夔州水口，一踞綦江、遵义，一踞泸州，一截川西栈道，全蜀震动，播州杨应龙遗孽及诸亡命奸人蜂起应之。
贼党符国祯袭陷遵义，时遵义道臣李仙品、参将万金督兵援辽，俱赴重庆，城中守备空虚。奢崇明同其子奢寅帅众奄至遵义，署府通判袁任先期委城遁。贼乘势焚劫，纳溪、泸州、江安等城，兴文、永川、长宁、荣昌、隆昌、壁山皆空。贼攻合州、江津，知州翁登彦、知县周礼嘉悉力捍御，破走之。陷兴文，知县张振德不屈，率妻子赴火死。
石柱宣抚司掌印女官秦良玉勤王。秦氏世为宣抚司，秦良玉兄秦邦屏、秦邦翰援辽力战死。弟秦民屏重伤突围出，得归。时蔺贼厚遗秦氏求其助，秦良玉斩使留银，率所部精兵万余，同弟秦民屏、侄秦翼明等卷甲疾趋，潜度重庆，扎营于南坪关，扼贼归路。遣兵夜袭两河，烧其船以阻贼，泛舟东下。自率大兵沿江而上，水陆并进。又留兵一千，多张旗帜，护守忠州等地方，以为犄角之势。移文夔州，设兵防瞿塘，为上下声援。
天启元年十年，奢崇明僭伪号，设丞相、五府等官，统所部及徼外杂蛮数万，分道趋成都。时泸、叙诸郡邑瓦解，柙木、龙泉诸隘口俱失，贼乘势向成都，指挥冉世洪、雷安世、瞿英、周邦泰、张恺帅众拒之。周邦泰先至资阳，遇贼不战而降。冉世洪等至九泉，贼驻兵山上，据高临下，众寡不敌，我兵陷阵，冉世洪、雷安世、瞿英俱死之，张恺走免。贼兵进薄城下，悬旌僭号，四面夹攻。城内仅有镇远营七百人，调到松潘、茂州、龙安兵一千五百余人。御史薛敷政、左布政使朱燮元登陴而守，朱燮元方以辑瑞就道，蜀王出国门，与百姓遮留之。