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拿下了福王，占据了皇宫，战事算是告一段落。派了军队驻守在皇宫，陈越自己却不能在皇宫多呆，而是退了出来，选择了承天门外的五军都督府作为自己的驻地。
虽然南京已经拿下，但事情还有很多，南京城北江边还有刘孔昭的万余操江水师，必须派兵解决。刘泽清的溃军在外城还有很多，躲进了大街小巷，必须把他们揪出来，否则会给外城百姓造成极大的隐患。
南京京营已经投降，可陈越对他们并不信任，他接下来还有大动作，所以必须把京营控制起来防止作乱。京营将领都必须集中起来看押，所有的武器全部上缴，京营士兵就地解散各回各家，如此就可以防止他们聚集起来。
城内的百姓需要安抚，随着战事起来，物价飞涨民生凋敝，更有无数的地痞趁火打劫，南京城这么大的地方，仅靠平南军控制根本顾不过来，需要官府进行协助。
应天府尹阮大铖被抓了起来，陈越便把府丞、通判、经历等佐贰官员喊来，命令他们带着所有衙役差人上街，稳定地方，以求能够迅速稳定南京的秩序。
安排好一些之后，陈越便命何禄写下奏章，给在镇江的崇祯送去捷报，恭请崇祯驾临南京。
刘孔昭虽有雄心重振勋贵的地位，奈何人比天高命比纸薄，等平南军进城崇祯被抓的消息传来，他的部下水师一下子就乱了，乱纷纷逃走的有之，主动缴械向南京投降的有之。刘孔昭试图控制军队，可除了诚意伯府里的家仆，已经没有人听他的了。
陈越闻听江边操将水营大乱，便派金声桓带领团练兵出城接收水师抓捕刘孔昭。操江水师的战力算不了什么，可是二百余艘战船却不容有失。
金声桓带兵出城到了江边，基本上没有遇到抵抗，大半的水营士兵投降，不过他并没有抓住刘孔昭，据盘问投降的水兵，有人看到刘孔昭带着亲信驾船进入了长江，不知去向。
听到这里，陈越也不再去理会，刘孔昭已经是丧家之犬，以后再也行不成威胁。
经过了一天的混乱之后，攻入南京的第二天，一切都平静了下来，平南军占据了内外城所有城门，南京京营全被缴械，刘泽清部的溃兵大半也被抓捕，整个南京城已经恢复了秩序。
内外城门统统打开，不断有百姓进出城门，城外的蔬菜粮食各种物质不断运入城中，所有店铺都开门营业，南京城又恢复了往日的繁华热闹。城头飘扬着大明的旗帜，一切都仿佛从前。
都督府中，一处厢房，不时有身穿便服的军人进进出出，若是有熟悉的人便会知道，这些人大都是新成立的锦衣卫。
来不及做飞鱼服，也没有绣春刀，可是锦衣卫众人却士气高昂，因为在攻打南京的战斗中，他们立下了大功。特别是他们的指挥使陈江河，勇猛无比，带领二百人堵住了刘泽清的去路，阵斩叛逆刘泽清！
眼下已经攻下了南京，正是锦衣卫扩充实力大展身手的好机会。
陈江河派人找到了锦衣卫千户陆宗汉，让他戴罪立功召集旧部，然后又从应天府差役中挑选人手，短短的时间便把锦衣卫扩充到五百多人。刘能当上了镇抚使，徐青田、李刀子、沈炼、卢剑星几人均升为千户。
眼下，总管南京事务的平南侯陈越交给了锦衣卫一个任务，使得他们忙碌了起来。