听到父亲的话，真嗣惊讶的猛地抬起头，他从没想到父亲会对他说出这样的话，人生中第一次，真嗣感觉自己终于得到了父亲的认同。他的心中立刻燃起勇气，用力的一点头：“恩，我会的。还有……父亲，你一路保重，我等你回来。”
碇司令最后深深地看了真嗣一眼：“再见。”
然后，碇司令与冬月副司令登上直升机，直升机在螺旋桨的带动下缓缓升起，向着远方迅速飞去，渐渐消失在远处的天际线上。
回去的路上，真嗣的脸上一直带着难以掩饰的喜悦笑容，他忍不住对李晓说：“父亲说让我保护好大家，这是不是代表父亲认同我了呢？”
李晓同样为真嗣感到高兴：“我想应该就是这样吧。”
虽然碇司令不在，但是NERV的工作依旧没有停下来，在美里的统筹运作下，NERV的重建工作进行的有条不紊。但是尽管如此，李晓还是可以清晰的感觉到，在忙碌的工作之外，整个NERV都笼罩在一片迷茫和担忧的气氛之下，人们心中都在担心同一个问题“如果碇司令与政府谈判失败了怎么办？”即使是美里，李晓也有好几次看见她露出茫然失措的表情，碇司令离开NERV后就音信全无，美里每天都在担心政府会再一次突然打过来，她承受着巨大的压力。
这样提心吊胆的日子一共过了四天，到了第五天的早晨，碇司令终于回来了，而且他还带回来一个天大的好消息——NERV终于澄清了自己的清白。
这条消息公布后，整个NERV都松了一口气，人们忍不住欢呼雀跃：“战争结束了！”
其实这也算是意料之中的结果，毕竟碇司令本身就是SEELE的一员，加持先生也曾长期为SEELE工作，他们两人的手上都掌握着SEELE大量的机密情报。
接下来的事情就不需要NERV再出什么力了，虽然SEELE是一个甚至可以操控联合国的无比庞大的秘密组织，但是企图引发第三次冲击便已经是全人类的公敌了，现在他们的阴谋已经败露，等待他们的只有审判和死亡。
接下来的日子忽然变得平静起来，NERV再次得到政府的支持，大量的资金涌入进来，重建工作进行的如火如荼，人们因为不用担心政府会再次打过来，所以开始全身心的投入到工作中，整个NERV都笼罩在一片积极向上的氛围当中。
但其实在这片平静的外表之下，整个世界却是暗流涌动，世界上的主要强国都开始心照不宣的清除自己国内的SEELE势力，失去了SEELE的支持，NERV也无法再次独立于政府之外，中国、美国、德国、英国……各个国家的NERV分部纷纷被政府控制，世界的权力格局开始悄然的发生改变。
外面的事情李晓偶尔会听美里讲到几句，不过其实他也不怎么关心这些，这里毕竟是动漫世界，世界格局变成什么样李晓都不在乎。现在，李晓的“HAPPYEND补完计划”已经算是圆满成功了，EVA的主要人物一个不落的全部幸存下来，真嗣、明日香、美里、丽，不能说他们已经获得了幸福，但是至少他们都还活着，未来拥有无限的可能，他们终究有一天会获得幸福的。
虽然“剧本”已经结束，但是李晓还不打算就这么急急忙忙的离开EVA世界，他希望可以为自己这次“异界之旅”画上一个完美的句号，有一些愿望他还没有了结。
……………………
这一日，李晓正在收拾房间，房门外却忽然传来门铃的声音。李晓立马停下手中的活计，来到房门前，嗤的一声打开自动门后，看到站在外面的来客，李晓不禁微微吃了一惊：“碇司令！”
碇司令站在门外，他那张沧桑的脸上带着隐隐的期待与激动的神色，直接开门见山的对李晓说：“李晓，人类补完计划，是时候带唯回来了。”